数年前,人类凭借超级战舰“轰天号”在南极击溃并封印了“哥吉拉”。然而,地球上除了“哥吉拉”外,还有许多怪兽对人类都市虎视眈眈。为此,人类成立了“地球防卫部”,专门应对怪兽入侵。其中,最强大的成员是当年封印哥吉拉的“轰天号”及其舰长道格拉斯·戈登上校。地球防卫部还特别甄选了拥有特殊能力的“M染色体”超人类,这些人类拥有比普通人更强大的体能和敏捷性,其中佼佼者是尾崎真一少尉。不久前,人们在地下发现了一个具有机械和生物特质的怪物遗骸,怀疑其来自外太空。随后,尾崎真一收到婴儿岛“小美人”的警告,这个怪物正是当年被“魔斯拉”封印的“盖刚”,其出现预示着新的威胁正向人类逼近。